A cultivation-independent PCR-RFLP assay targeting oprF gene for detection and identification of Pseudomonas spp. in samples from fibrocystic pediatric patients
สารบ่งชี้พันธุกรรมจำเพาะสปีชีส์เป็นหนึ่งในส่วนสำคัญที่จะช่วยเพิ่มความน่าเชื่อถือและความไวในการตรวจหาเชิงพันธุกรรม
(Molecular method) ของ Pseudomonas
aeruginosa (Pa) ทีมวิจัยได้จัดเตรียมชุดตรวจ PCR-RFLP
ที่มีเป้าหมายเป็นยีน oprF ซึ่งยีนนี้จะทำหน้าที่ในการสร้างเยื่อหุ้มเซลล์ชั้นนอก
(outer membrane) เรียกว่า porin F ซึ่งมี
conservation สูงและมีจุดจำเพาะที่หลากหลายในการตรวจหา (detection)
และแยกออกจากสิ่งแวดล้อมยาก (Agaras et al., 2012)
ก่อนที่จะเริ่มประเมินความสามารถในการแยกสารพันธุกรรมด้วยวิธี PCR-RFLP เราได้ทำการตรวจวิเคราะห์ทางจุลชีววิทยายืนยันแล้วว่าเป็น Pa เรียบร้อย โดยการเก็บตัวอย่างที่คาดว่าติดเชื้อ Pa จากแผนกกุมารเวชและแผนกอื่นๆ
จำนวน 62 ตัวอย่าง จากโรงพยาบาล de Niños “Sor María Ludovica” ที่ La Plata ประเทศอาร์เจนตินา
จากตัวอย่างทั้งหมดมีเพียงตัวอย่างเดียวที่สามารถให้ oprF amplicon อย่างต่อเนื่อง โดยสอดคล้องกับ Pa stain อ้างอิง
โดยยังพบว่าสารพันธุกรรมของ amplicon ที่มีขนาดเล็กกว่าเป็น Pseudomonas
mendocina นอกจากนี้ยังพบว่ามี 59
ตัวอย่าง (96%) ที่แสดงผล oprF RFLP pattern ว่าเป็น Pa
โดยใช้ TaqI หรือ HaeIII เป็นเอนไซม์ตัดจำเพาะ และอีก 2 ตัวอย่าง (4%) แสดงผล RFLP pattern ที่แตกต่างออกไป โดยใช้ HaeIII เป็นเอนไซม์ตัดจำเพาะ
ถึงแม้ว่าสารพันธุกรรม oprF นี้จะได้รับการยืนยันแล้วว่าเป็น
Pa จริง หลังจากนั้นเราได้ทดสอบประสิทธิภาพของ PCR-RFLP ในการวิเคราะห์หา pseudomonads โดยตรง
(ปราศจากการเพาะเชื้อ) ในตัวอย่างผู้ป่วยเด็กโรค fibrocystic
โดย amplicon ที่คาดหวังให้ผลลัพธ์สัมพันธ์กับ RFLP
profile ที่ได้จากการเพราะเชื้อก่อนหน้านี้และยืนยันว่าเป็น Pa
ดังนั้น จากผลที่ได้ทั้งหมดแสดงว่าวิธีการตรวจด้วย PCR-RFLP ต่อยีน oprF ช่วยในการวิเคราะห์และแยก Pa
ออกจาก pseudomonad สปีชีส์อื่น (non-Pa
pseudomonads) ได้
สามารถศึกษาเพิ่มเติม : https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0167701215001475?via%3Dihub